Chi nhánh có 5 trạm vận tải hàng hóa trực thuộc và 1 văn phòng đại diện gồm:
- Trạm vận tải hàng hóa Yên Viên. Trụ sở chính đặt tại ga Yên Viên - Gia Lâm - Hà Nội.
- Trạm vận tải hàng hóa Giáp Bát. Trụ sở chính đặt tại ga Giáp Bát - Giải Phóng - Hà Nội.
- Trạm vận tải hàng hóa Văn Điển. Trụ sở chính đặt tại ga Văn Điển - Thanh Trì - Hà Nội.
-Trạm vận tải hàng hóa Đông Anh. Trụ sở chính đặt tại ga Đông Anh - H. Đông Anh, Hà Nội.
- Trạm vận tải hàng hóa Lưu Xá. Trụ sở chính đặt tại ga Lưu Xá - P. Phú Xá - Tp. Thái Nguyên.
- Văn phòng đại diện phía Nam có trụ sở tại ga Sóng Thần - H. Dĩ An - Tỉnh Bình Dương.
